安装Singularity遇到的问题

    科技2024-12-09  23

    LSTM-ICNet github地址 关于singularity container配置的问题(Ubuntu 20.04)

    1.Singularity安装步骤 完全按照github上的步骤即可,如果后续遇到问题,可以考虑删除后彻底重新安装,需要注意go的安装位置,且Singularity要放在go文件内才可以,按default的就可以成功。注:CentOS/RHEL未测试。下载版本为singularity v3.6.3 go version为1.13.15

    2.如果安装过程中出现了permission denied情况,需用sudo,如sudo ./mconfig等,视情况而定。最后make一般是可以成功的,不成功如果出现了以下倒数第二行的情况,如果确保已经安装了go,则有可能是因为Singularity安装位置不正确导致的,可以移动到相应的正确位置或重新安装。

    Configuring for project `singularity' with languages: C, Golang => running pre-basechecks project specific checks ... => running base system checks ... checking: host C compiler... cc checking: host C++ compiler... c++ checking: host Go compiler (at least version 1.13)... not found! mconfig: could not complete configuration

    3.在以上的步骤完成后,使用singularity version 查看当前的版本,如我的版本会返回3.6.3,如果返回的不是版本号,而是报错,说明安装有问题,需重新查看。

    4.在LSTM-ICNet github论文中,需要build singularity container,sudo singularity build ubuntu1804_tensorflow1.14_cuda10.simg ubuntu1804_tensorflow1.14_cuda10.def中,.def文件是在github中已经提供的,.simg是需要生成的文件。需要非常注意的一点是,如果直接build,会有可能出现以下问题

    debconf: unable to initialize frontend: Dialog debconf: (No usable dialog-like program is installed, so the dialog based frontend cannot be used. at /usr/share/perl5/Debconf/FrontEnd/Dialog.pm line 76.) debconf: falling back to frontend: Readline

    这点可能是因为不同版本导致的,网上搜索后解决办法一般为apt-get install dialog以及apt-get install whiptail,但千万不可直接在自己的终端进行安装,而是要写入.def文件,在我的情况中,还需要另外加入

    DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get install -y --no-install-recommends tzdata apt-get install dialog

    第一行的 noninteractive不可以省略,如果仅安装dialog而不写第一行则有可能在设置时区时因为不成功进入死循环(还不清楚具体原因)。故在原本的.def文件中加入了以上两行(写在apt-get install -y wget之前),则可成功build .simg文件 最后显示结果为 Build complete:XXX.simg

    如有任何疑问欢迎留言,第一次接触singularity,如有任何说的不正确的部分,欢迎指正,谢谢~

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